Midnight Commander viene con soporte de ratón. Una doble pulsación sobre un fichero intentará ejecutar el comando si se trata de un programa ejecutable; y si la extensión del fichero tiene un programa asociado para la extensión del fichero, se ejecutará dicho programa.
Además, es posible ejecutar los comandos asignados a las etiquetas de las teclas de función pulsando con el ratón sobre ellas.
Si se pulsa con el botón del ratón en la línea divisoria superior del panel de directorio, se realiza un scroll (desplazamiento) de una página hacia atrás. Asimismo, una pulsación sobre la línea divisoria inferior produce un scroll de una página hacia delante. Este método de la línea divisoria funciona también con el Visor de Ayuda y el Árbol de directorios.
Si estamos ejecutando Midnight Commander con el soporte de ratón, podemos obtener el comportamiento por defecto del ratón (cortando y pegando texto) manteniendo pulsada la tecla Shift.