Podemos ejecutar comandos tecleándolos directamente en la línea de entrada de Midnight Commander, o seleccionando el programa que queremos ejecutar con la barra de selección en uno de los paneles y pulsando Enter.
Si pulsamos Enter sobre un fichero que no es ejecutable, Midnight Commander chequea la extensión del fichero seleccionado con las extensiones en el Fichero de Extensiones. Si se produce una coincidencia se ejecutará el código asociado con esa extensión.